阿爾斯蘭伊利克納賽爾征服河中地區(qū)后，在卡迪爾汗玉素甫為汗國大汗時，哈桑的幼子、玉素甫的兄弟阿里特勤成為河中地區(qū)的統(tǒng)治者，自稱桃花石•喀喇汗[桃花石，即是拓拔的不正確拼寫，中世紀(jì)指中國，特指拓拔鮮卑王朝統(tǒng)治過的中國北部地區(qū)]。他死后，兒子玉素甫繼位。1038年，曾征服河中地區(qū)的納賽爾的兒子伊卜拉欣從玉素甫的囚禁中逃脫，募集軍隊，同玉素甫爭奪河中地區(qū)。經(jīng)過兩年多的戰(zhàn)爭，伊卜拉欣攻下布哈拉，控制了整個河中地區(qū)。
一百多年的政治演變，喀喇汗王朝汗族的兩大系已完全形成，即長支阿里系和幼支哈桑系。其初，汗國的統(tǒng)治權(quán)控制在阿里系手中，但玉素甫•卡迪爾汗占領(lǐng)喀什噶爾后，汗國的統(tǒng)治權(quán)轉(zhuǎn)到哈桑系手中。1041年伊卜拉欣用武力奪取布哈拉后，阿里系控制了河中地區(qū)，而哈桑系只控制汗國東部。伊卜拉欣自稱桃花石•博格拉•喀喇汗，完全獨立自主，不承認(rèn)東部喀喇汗為宗主。于是在中亞地區(qū)完全平行的兩個獨立汗國——東部喀喇汗王朝和西部喀喇汗王朝形成歷史分述如下：
東部喀喇汗王朝的第一代大汗是哈桑系的蘇來曼。他早在1032年已繼位為阿爾斯蘭汗，名義上是整個汗國的最高首領(lǐng)，但是1041年伊卜拉欣在河中地區(qū)獨立后，他便成了只是東部汗國的首領(lǐng)。阿里系在河中地區(qū)取得成功，迫使哈桑系也團(tuán)結(jié)起來。伊斯蘭歷435年（1043—44年）哈桑系召開家族會議，重新劃分領(lǐng)地。蘇來曼阿爾斯蘭汗直接統(tǒng)治巴拉沙袞和喀什噶爾地區(qū)，其余地區(qū)分給自己的親族去統(tǒng)治。在蘇來曼統(tǒng)治時期又有一萬帳游牧的突厥人皈依伊斯蘭教，但大批從“吐蕃”來的突厥人則“有禮貌地拒絕伊斯蘭教”，也沒受到虐待。蘇來曼是一位比較開明的君主，伊本•阿西爾稱他為“科學(xué)和宗教的朋友”。伊斯蘭歷448年（1056—57年）他與弟弟博格拉汗穆罕默德發(fā)生戰(zhàn)爭，戰(zhàn)敗被俘，后者成為東部王朝的大汗。
穆罕默德在位僅十五個月，便于1058年讓位于長子侯賽因。但是穆罕默德的一個妃子毒死了穆罕默德及其家族中許多人，扶自己年幼的兒子伊卜拉欣登上汗位。
伊卜拉欣統(tǒng)治時間也很短，而且實權(quán)在母親手中。因為汗位來得不“合法”，東部汗國的各地領(lǐng)主反對他；西部喀喇汗王朝桃花石汗伊卜拉欣趁機奪取費爾干納地區(qū)。伊斯蘭歷451年（1059～60年）伊卜拉欣奉母命去攻打巴爾斯罕城，被該城領(lǐng)主打敗，被俘后處死。
伊卜拉欣還在位時，他的叔父馬赫穆德已宣布為王朝的大汗，自稱托黑魯爾•喀喇汗。在他統(tǒng)治時期，阿爾斯蘭特勤率領(lǐng)四萬穆斯林打敗了七十萬異教徒的進(jìn)攻，并渡過伊犁河與額敏河作戰(zhàn)。托黑魯爾汗馬赫穆德的另一武功是收復(fù)了費爾干地區(qū)，與西部喀喇汗王朝的邊界劃于忽章河（史書或稱苦盞河，錫爾河中游的名稱，因流過苦盞城得名）。
馬赫穆德死于伊斯蘭歷467年（1074—75年），由兒子奧瑪爾繼位。他只統(tǒng)治了兩個月就被喀什噶爾統(tǒng)治者博格拉汗哈桑取代。
哈桑是東部喀喇汗王朝第一代大汗蘇來曼之子。他是喀喇汗王朝史上著名的可汗，戴有“正義和宗教的保衛(wèi)者”、“宗教的榮譽”、“東方之王”等伊斯蘭封號。在他統(tǒng)治時期，喀什噶爾的文化空前繁榮，玉素甫•哈斯•哈吉甫的長詩《福樂智慧》就是獻(xiàn)給他的。阿卜都•伽費爾的《喀什噶爾史》也是在這一時期寫成。但這部史書已失傳，只有一些片斷保存在杰馬爾•卡爾希的《蘇拉赫詞典補編》中，我們今天所知道的喀喇汗王朝早期歷史的一些情況，主要就是靠保存下來的這些片斷。
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